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三維分子類

           
RASMOL 2.7.5.2 觀看生物分子3D微觀立體結構的軟件。
RasTop 2.2 為RasMol的圖形用戶界面軟件,免費,簡化RASMOL的使用。
DS Visualizer 4.1 3維分子瀏覽工具,30天試用版, 功能也十分強大。
ICM-Browser 3.8-3 3維分子瀏覽工具,并具有序列比對顯示功能,免費推出。
ActiveICM 1.2-2 可在Office軟件和瀏覽器中顯示查看三維ICM分子圖片文件軟件。
VMD 1.9.2 beta 1 用來顯示生物分子的微觀立體結構,更棒的功能是可以利用內建的功能,做出動畫效果。
CN3D 4.3.1 See in 3D的縮寫。允許你在線作為客戶端可視并交互地觀察NCBI Entrez數據庫的立體蛋白序列。
WPDB 2.2 美國國家計算機科學與工程學實驗室開發的基于Windows的PDB文件查詢與處理分析軟件。
DTMM 4.2 Demo 是一個簡單易用的3維分子模型顯示、編輯與構建程序。
POV-Ray 3.7 是一個高質量、完全免費創造最棒三維圖像的非常有名的工具。
MegaPov 1.2.1 是Pov-Ray非官方編譯版本,三維渲染效果更好。需要安裝Pov-Ray。
Mol2Mol 5.6.3 Demo 主要用來進行各種分子文件的轉換,支持30種主要分子格式,也可以用來進行3維分子的簡單顯示。
MolPOV 2.1.0 MolPOV是PDB格式至POV格式轉化工具。
PovChem 2.1.1 免費軟件,注冊碼:APyUrblJnYZr,將PDB格式分子文件轉化為POV格式,再使用POV-Ray v3.1g進行3D加工。
ORTEP-III 2014.1 用來生成分子的熱橢圓形點圖。

PWT(PLATON for Windows Taskbar) 1.17

PLATON是通用結晶學軟件工具。
Mage 6.47 讀取并演示Kinemage格式文件的專用軟件。
Prekin 6.51 將PDB格式文件轉換為對應的kinemage格式的專用軟件。
KiNG 2.21 (Kinemage, Next Generation)的縮寫。三維分子Kinemage的顯示軟件。
Swiss-PdbViewer 4.1 是一個界面非常友好的同時分析幾個蛋白PDB文件。
StrukEd Demo 化學分子編輯與三維模型生成軟件StrukEd Demo。
JMVS 4 041122版 Java3D Molecular Visualisation System 的縮寫,使用JAVA技術編寫的三維分子查看器。
Re_View 1.0 為讀取及分析XYZ格式三維分子文件的軟件。
Oscail 2015 用來處理、定義與檢查小分子單晶的軟件包。
Moilin 2015 分子構建與觀察軟件,是Tinker軟件的Windows界面程序。
Tinker 7.0.1 分子設計建模軟件,可使用許多常用參數集。
Biodesigner 0.75 免費的分子建模與顯示軟件,支持多種三維分子格式。
MoluCAD 1.034 Demo 分子建模與顯示工具軟件演示版。

Protein Explorer 2.80

顯示蛋白和核酸等大分子三維結構的免費瀏覽器插件,是RASMOL衍生出的軟件,速度快。
Chimera 1.10.1 免費的交互式分子模型顯示程序。
Jmol 14.2.12 java語言寫成的開放源代碼的免費三維分子顯示程序。
Ramachandran Plot Explorer 1.0 蛋白分子顯示軟件。
ProteinScope LE 1.0.5 免費PDB蛋白三維顯示軟件,需要系統支持 DirectX 9.0b。
CHIME 2.6 SP8 IE與NetScape瀏覽器插件,安裝后,可以直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件。
YASARA View 14.12.2 是免費分子顯示軟。
NOC 3.01 免費的蛋白3維結構構建、顯示、分析軟件。
3DNA 2.1 20141222 分析、構建、顯示核酸三維結構的軟件。軟件需要Cygwin環境。
ArgusLab 4.0.1 分子構型、繪圖和藥物設計軟件。
CueMol 2.2.1.330 免費的分子結構顯示和三維渲染軟件。
jimp 2 0.091 顯示三維分子軟件。
SweetMollyGrace 1.3 三維分子渲染與動畫軟件。可讀取各種三維格式的文件。
Facio 18.8.2 三維分子建模、顯示與量子化學計算程序。
VEGA ZZ 3.0.5.12 支持多種三維格式并可進行顯示、計算、分析的免費軟件。
GDIS 0.99 三維分子顯示軟件。
PDBlib 2.2 顯示PDB文件的C++庫,可用于編程。
Ascalaph 1.8.88
三維分子顯示軟件 和分子設計建模軟件。
QuteMol 0.4.1 開源的三維分子顯示軟件。
BALLView 1.4.2 分子三維建模、顯示軟件

bioeditor 1.6.1
BioViewer 1.5.7

三維分子結構編輯軟件和三維分子結構顯示軟件

ProteinShader beta 0.9.4

蛋白三維分子顯示渲染工具

PDB Editor 090203

界面友好的PDB文件編輯器

Zodiac 0.65

用于藥物設計的分子三維建模軟件包
Avogadro 2.0.7.2 免費三維分子編輯器 。
Bioclipse 2.6.1 生物信息學分子顯示平臺。
ANTHEPROT 3D 1.0.162 蛋白三維結構查看軟件 。
Chemis3D 2.89b 三維分子網頁顯示Java小程序。
Chemitorium 4.0 三維分子分析與現實工具軟件。
LigandScout 3.12 用三維模型高分子 / 配合物構建藥效團模型結構數據工具軟件。
AutoDock 4.2.6 小分子三維建模軟件 。
Benchware 3D Explorer 2.7 三維分子顯示分析軟件。
PyRx 0.9.1 三維分子藥物輔助設計軟件。
VisProt3DS 3.03 觀察蛋白質和DNA分子PDB結構軟件 。
OpenAstexViewer 3.0 三維顯示Java插件。

COSMOS 5.0 PRO trial

COSMOS Viewer 3.0

三維分子分析、建模、顯示軟件。

免費的三維顯示軟件。

MOIL 12.0.3923 免費分子模型建模軟件。
OpenMM 6.2.0 分子三維建模程序庫。
OpenStructure 1.3.3 開源結構生物學軟件。
MMPRO 0.7 分子顯示分析軟件。
CMView 1.1.1 大分子關聯圖(contact map)分析工具。
  以上軟件,除特別注明外,均在生物軟件dvd光盤1中。

 

 

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